Endometriose kann die Fruchtbarkeit auf verschiedene Weisen beeinträchtigen, abhängig von Ausdehnung und betroffenen Organen wie Eierstöcken, Eileitern und der Gebärmutter (Adenomyose). Verwachsungen können Eileiter blockieren und somit die Befruchtung verhindern. Zysten an den Eierstöcken, sogenannte Endometriome, können Vernarbungen verursachen und die Hormonfunktion beeinträchtigen, was die Fähigkeit, schwanger zu werden, reduziert. Zudem können immunologische Faktoren eine Rolle spielen, indem eine chronische Entzündung in den Fortpflanzungsorganen ein ungünstiges Milieu für Eizelle und Samenzelle schafft. Bei Schwierigkeiten, schwanger zu werden, wird Patientinnen mit Endometriose geraten, frühzeitig ein Kinderwunschzentrum aufzusuchen. Dort können alle relevanten Faktoren, einschließlich möglicher Beeinträchtigungen beim Partner, untersucht werden, um geeignete Wege zur Erreichung einer Schwangerschaft zu finden.